TL;DR

4K 27inchのディスプレイ x 2 と WQHDのディスプレイ x 1を常用しているが，i3wmで不意にスケーリングがおかしくなる．
大抵はDPIの設定が変になってるので設定変更のまとめ

i3wm全体におけるDPI

.Xresources を使う

自分の環境では結果的に効果なし．以下を~/.Xresourcesへ書き込む．

Xft.dpi: 144

xorg.conf を使う

xorg.confのSection "Screen"へ以下のオプションを追加することで設定可能．
i3bar含めたi3wm自体のDPIが変化する．

    Option    "DPI" "144 x 144"

起動中にxrandrで変更することも可能．i3wmのリスタートで反映されるが，永続はしない．

xrandr -dpi 144
i3-msg restart

カーソルサイズ

GTK, Qtなどのアプリケーション上では問題ないが，i3wm自体のコンポーネント上でバカデカいサイズになったりした．
これは~/.Xresourcesにカーソルサイズを指定することで調整可能．

Xcursor.size: 24

GTKアプリケーションのDPI

i3wm自体のDPIとGTKのDPIで整合がとれていないのか，GTKアプリケーションが異様に小さいスケールになっていた．
GTK3+であれば環境変数でDPIスケーリングを調整可能なため，以下を~/.xprofileへ追加．

export GDK_DPI_SCALE=1.25

QTもスケーリングがおかしくなってるのかと思いきや，こっちは無事だった．よくわからん．